85%

スタイルシートにおける透過の比率です。現状スタイルシートでopacityを設定した場合、背景のみならず全ての子要素も透過していきます。これが85%位だと透過している効果が残りつつ、子要素は明瞭に表示されてとても良い感じです。
まあ、84%でも86%でも良いわけですが・・・

15.625

windows版のIEやOpera等のブラウザにおけるタイマーの分解能です。setTimeout(function(){}, 1);と指定しても、実際は約16msです。

これは、Windowsのシステムタイマーの制約による物です。詳細は以下のページが詳しいです。FirefoxやSafari等は別のタイマーを使用しているのか1msの分解能が出ています。

• WindowsにおけるSleep(1)の精度について

思いつくたびに追記していきます。

答えを先に言ってしまうと、下図のようにDIV要素が上に重なっていた為ですorz。ただし、勘所は別の点にあります。
下の図にあるDIV2はわかりやすくするために色がついていますが、実際には{background-color: transparent;}です。
ieの場合、背景色がtransparentだと下の要素がクリックできてしまうようです。

この場合、そもそもが２段組レイアウトにしょうとしていたのでDIV2に適切にmargin-rightを設定すれば解決です。

逆にlightboxなど、下の要素をクリックさせたくない（かつ透明にしたい）場合は背景色を設定した上で、透明度を0にすればＯＫです。

{
    background-color: White;
    opacity: 0;
    fillter: alpha(opacity=0);
}